Křtinský potok pramení na svazích Proklestu asi 1 km severně od Bukoviny. Po průtoku nekrasovým Lučním údolím a krasovým Křtinským údolím se v Adamově levostranně vlévá do Svitavy. Délka toku Křtinského potoka je 15,3 km, celková plocha povodí je 70 km2 s průměrným průtokem 250 l.s-1.
Křtinský potok odvodňuje střední část Moravského krasu včetně Rudické plošiny. Na krasové území vstupuje těsně pod obcí Křtiny, kde se v řadě ponorů ztrácí do podzemí. Pod ponory, v délce asi 3,5 km, je koryto potoka po většinu roku suché a je protékané pouze za zvýšených vodních stavů.
Podzemní Křtinský potok protéká zatím téměř zcela neznámou jeskynní soustavou s jeskyní Vokounka, Rudolfka, Nová Drátenická, Výpustek a Jestřábí skála. V blízkosti tzv. Otevřené skály Křtinský potok vyvěrá. Na své další cestě Křtinským údolím přibírá pravostranný přítok Jedovnického potoka. Ten vyvěrá u Josefova po průtoku jeskynním systémem Rudického propadání – Býčí skála.
V Josefově Křtinský potok přibírá vody z několika drobných krasových vývěreček. Některé jsou podchyceny jako zdroje pitných vod pro Adamov.